Diagnostilised spetsiifilised rikastamisanalüüsid, mis kasutasid GO-d, määrasid diagnoosides rikastatud bioloogiliste protsesside olulise kattumise, toetades immuun- ja põletikulistes reaktsioonides osalevate radade rikastamise tulemusi vt S3-S SP-i toetas Siin kitsendame fookust nende uuringute hindamiseks ja ühendamiseks, kus kasutatakse kolme kõige levinumat psühhiaatrilist häiret põdevate patsientide perifeerset verd. Valgud täidavad enamuse funktsioone igas organismis, muutes need potentsiaalselt kasulikumaks translatsioonilistele lähenemistele kui genoom või transkriptoom.

Skisofreenia Abstraktne Hiljutised parandused suure läbilaskvusega proteoomiliste lähenemisviiside puhul on tõenäoliselt oluline biomarkerite avastamise edusamm, säilitades lubaduse täiustatud isikliku hoolduse ja ravimite väljatöötamise kohta. Neid meetodeid on rakendatud mitmemõõtmeliste valgu mustrite uurimiseks ja väärtuslike andmete saamiseks perifeersete kudede kohta. Eelmise kümnendi tulemuste esiletoomiseks kolme kõige tavalisema psühhiaatrilise häire, nimelt skisofreenia SZbipolaarse häire BD ja depressiivse häire MDD kohta, küsisime PubMedist.

Siin süveneme kolmekümne uuringu tulemustesse, mis kasutasid perifeerse vere biomarkeri uurimiseks proteoomikat ja multipleksseid immuunanalüüse. Uurimusliku lähenemise kohaselt käisime nende tulemuste põhjal Vabakaubanduse bot tf veres rikastusanalüüsid ja tuvastasime genoomiga hõlmatud assotsiatsiooniuuringutes GWAS tuvastatud proteoomiliste leidude ja geneetiliste lookuste kattumise.

Meie poolt läbi viidud uuringud näitavad, et psühhiaatriliste uuringute proteoomika on eesmärkide ja meetodite osas olnud heterogeensed ja piiratud valimi ebapiisava suurusega, halvasti määratletud juhtumite määratlustega, metodoloogilise inhomogeensusega ja segavate tulemustega, mis piiravad neist järeldusi.

Siin arutame võimalusi, kuidas ületada metodoloogilised väljakutsed proteoomiliste allkirjade rakendamiseks psühhiaatrilises diagnoosis, ja pakume väljavaateid tulevastele uuringutele.

Proteomika lubaduse täitmiseks vaimse haiguse diagnostikas vajab tulevane uurimistöö suurte, täpselt määratletud rühmade kombinatsiooni koos tipptehnoloogiatega.

Когда изображение Хедрона растаяло, Элвин долго сидел в неподвижности. Впервые за всю жизнь он вгляделся в свою душу со стороны, ибо не мог отрицать справедливости слов Хедрона. Останавливался ли он во всех своих замыслах и приключениях хоть раз, чтобы подумать, как отразятся на друзьях его поступки. Он доставлял близким беспокойство, а вскоре мог навлечь на них и нечто худшее - и все из-за своего ненасытного любопытства и жажды познавать то, чем не следовало интересоваться.

Sissejuhatus Psühhiaatrilised häired, nagu skisofreenia SZbipolaarne häire BD ja suur depressiivne häire MDDon rasked vaimsed haigused, mis on seotud haigestumuse ja elueaga puuetega inimestega 1, 2, 3, 4, 5, 6. Meie arusaam nende etioloogiast ja patofüsioloogiast on endiselt puudulik.

Kuna igaüks on defineeritud heterogeensete märkide ja sümptomite spektriga, mis sageli kattuvad haiguste vahel, on bioloogilised uuringud takistanud. Sotsiaalsete, psühholoogiliste, etioloogiliste ja keskkonnategurite keerulisel koosmõjul - koos täpsete loomamudelite tekitamise raskustega - on keerulised Vabakaubanduse bot tf ja mehaanilised uuringud.

Selle tulemusena on nende patsientide prognooside ja diagnoosimisega seotud usaldusväärsed biomarkerid endiselt rahuldamata kliiniline vajadus. Üks olulisemaid tagajärgi igapäevases kliinilises praktikas on see, et ravivalikud põhinevad kirjeldaval psühhopatoloogial, mis aitab kaasa madalale terapeutilisele efektiivsusele 7.

Vaimse tervise häirete üldised otsesed ja kaudsed majanduslikud kulud olid hinnanguliselt 2, 5 triljonit USA Vabakaubanduse bot tf, mis põhinevad Need hinnangud kahekordistuvad Kõrgtehnoloogilisi bioloogilisi analüüse võimaldavate Vabakaubanduse bot tf edusammud on loonud uusi võimalusi nende koormavate häirete paremaks mõistmiseks.

Sellised uuringud omavad lubadust leida biomarkereid, mida saab diagnoosimise ja tulemuste prognoosijana rakendada, eriti minimaalselt invasiivsete lähenemisviiside abil.

Need prognoosijad võimaldaksid varasemate, tõhusamate patsientide eest hoolitsemist, tervishoiusüsteemi ressursside paremat jaotamist ja vihjeid haiguse kulgemise aluseks olevatele bioloogilistele mehhanismidele. Bipolaarse häire puhul on GWAS-uuringutes teatatud tugevatest ja replikatsioonilistest seostest, millest paljud on näidanud, et BD ja SZ 15 vahel on tundlikkus. Kuigi riskialleelide kattumine on selge, ei tähenda see homogeensust 16 ja tuleb tunnistada, et geneetilise seose signaalide puudumine ei tähenda, et geeni valguprodukt ei oma haiguse patogeneesis 15 olulist rolli.

Skisofreenia Abstraktne Hiljutised parandused suure läbilaskvusega proteoomiliste lähenemisviiside puhul on tõenäoliselt oluline biomarkerite avastamise edusamm, säilitades lubaduse täiustatud isikliku hoolduse ja ravimite väljatöötamise kohta. Neid meetodeid on rakendatud mitmemõõtmeliste valgu mustrite uurimiseks ja väärtuslike andmete saamiseks perifeersete kudede kohta. Eelmise kümnendi tulemuste esiletoomiseks kolme kõige tavalisema psühhiaatrilise häire, nimelt skisofreenia SZbipolaarse häire BD ja depressiivse häire MDD kohta, küsisime PubMedist.

Paljude mitmekesiste lookuste identifitseerimisel rõhutati GWASi uuringutes, kui oluline on uurida radasid ja ahelaid, mitte üksikuid geeniprodukte, ning rõhutada bioloogilise teabe, näiteks valguekspressiooni ja bioloogiliste radade integreerimist geneetilistesse andmetesse Edasised uuringud, mis keskenduvad valgu ekspressioonitasemele, valgustavad nende riskirühmade funktsionaalset rolli, et määrata, kuidas need ühendused kaardistavad Vabakaubanduse bot tf endofenotüüpidele, mis võivad olla kasulikud häirete klassifitseerimisel Selle põhjuseks on teadlased hakanud otsima indiviidi fenotüübiga tihedalt seotud molekulitasemeid.

Valgud täidavad enamuse funktsioone igas organismis, muutes need potentsiaalselt kasulikumaks translatsioonilistele lähenemistele kui genoom või transkriptoom.

Proteom on kogu organismi poolt Voimalus strateegia Courtney Smith või modifitseeritud valkude kogum, mis varieerub aja, bioloogiliste vajaduste, stressi ja muude keskkonnategurite poolest Intrigeeriv näide on liblikas, kellel on samasugune genoomi rattaga, kuid mille fenotüüpilised erinevused tulenevad selgelt proteoomimustrite erinevustest.

Proteomika viitab valkude ulatuslikule ja globaalsele analüüsile süsteemis teatud ajahetkel kindlaksmääratud tingimustes Seega võib valgu profiilide koostamine paremini kajastada dünaamilisi patofüsioloogilisi protsesse. Märkimisväärne on asjaolu, et proteoomika on ainulaadne võimeline esindama nii valkude ekspressioonitasemeid kui ka isovormi või "proteoforme"samuti nende translatsioonijärgseid modifikatsioone Viimastel aastatel on proteoomilise analüüsi kõrge tootlikkusega tehnoloogiate väljatöötamine toonud kaasa uue biomarkeri avastamise ajastu.

Psühhiaatriliste häirete puhul, nagu SZ, BD ja MDD, võimaldab selline profiilide koostamine ennustada prognoositavaid mudeleid, sõltumata haiguse põhjustest, mis üldiselt jäävad suuresti teadmata. Lisaks sellele on tal lubadus mitte ainult häire alguse ennustamiseks, vaid ka selle kulgemise ja tulemuse prognoosimiseks Ülevaade biomarkeri avastamise proteoomilistest meetoditest Kuna mõiste "proteoomika" on loodud 90ndate lõpus, on valkude uurimiseks kasutatud mitmeid meetodeid Üldiselt kasutatakse valgu detekteerimiseks antikehal põhinevaid meetodeid immuunanalüüse või massispektromeetriaid MS.

Ensüümiga seotud immunosorbenttestid ELISA ja Western blot on rakendatud aastakümnete jooksul valideerimisvahendina kandidaatvalkude tuvastamiseks ja kvantifitseerimiseks. Viimastel aastatel on Vabakaubanduse bot tf töötatud suurema läbilaskvusega multiplekssed immunoanalüüsi paneelid, et identifitseerida ja kvantifitseerida üheaegselt sadu valke. Kuigi immuunanalüüsi meetodid on küpsenud viimastel aastakümnetel, on need meetodid silmatorkavad Vabakaubanduse bot tf, valgu isovormide spetsiifilisuse ja hüpoteesivabade uuringutega kokkusobimatuse suhtes 22, Sellega seoses on MS-põhised meetodid muutunud kasulikuks.

Kuna viimastel aastatel on tehnoloogilised arengud oluliselt parandanud MS-põhiseid proteoomikaid, võivad need meetodid nüüd enneolematu täpsusega iseloomustada inimese plasmaproteoome Massispektromeetria MS -proteomikas on olemas valkude eraldamise, visualiseerimise ja analüüsimise mitmed meetodid.

Erinevalt immunoloogilistest testidest tuvastatakse valgud massispektromeetriainstrumentidega.

Proteomika esimesel kümnendil olid geelipõhised kahemõõtmelised elektroforeesid 2DEsealhulgas fluorestseeruv kahemõõtmeline diferentsiaalgeelelektroforees 2D-DIGEpeamised meetodid valkude arvukuse määramiseks proovide vahel Siiski, kuna sellised geelipõhised lähenemisviisid on töömahukad, piiratud teatud valgu rühmade halva eraldamisega eriti membraanvalkudega ja üldjuhul identifitseeritakse vaid väike arv valke, ei ole need meetodid kunagi täitnud oma eesmärki suurte proteoomide iseloomustamiseks.

Tänapäeval nimetatakse avastamisproteomika kõige levinumaks tööprotsessiks haavli proteoomika See algab proovi ettevalmistusetapiga, milles kompleksne valgu segu fermenteeritakse ensümaatiliselt peptiidideks.

Abstraktne

Sellele etapile järgneb vedelikkromatograafia LC süsteem, mis võimaldab peptiide eraldada aja jooksul ja ionisatsiooni elektropihustus-ionisatsioonitehnoloogia abil, mille jaoks Nobeli preemia anti See võimaldab laetud molekulide moodustumist, millele järgneb nende analüüs mass-spektromeetris LC-MS. Seevastu "sihitud proteoomika" andmetel omandatakse suhteliselt väikese hulga huvipakkuvate peptiidide tavaliselt palju vähem kui andmed kõrge spetsiifilisuse ja tundlikkusega Valitud sihtmärk-peptiidide kogumi puhul võib olla saavutatav kõrgem Vabakaubanduse Vabakaubanduse bot tf tf ja läbilaskevõime võrreldes haavli proteoomikaga.

Nii haavlipüssi kui ka sihitud proteoomika puhul, kaasa arvatud rasked isotoopmärgistatud peptiidid kui huvipakkuvad huvipakkuvate peptiidide standardid, võimaldab absoluutset valgu kvantifitseerimist. Süstemaatiline lähenemine proteoomika uuringute potentsiaali ja lõkse tuvastamiseks psühhiaatrias Kliiniliseks kasutamiseks oleksid proteoomika meetodid, mis kasutavad verd, plasmat või seerumit, väga soovitav meetod psühhiaatriliste häirete biomarkerite profiilide koostamiseks.

Need bioloogilised proovid on kliinilises praktikas mitte ainult diagnoosianalüüside jaoks hästi kasutatavad, vaid bioloogilistes pankades on need kergesti kättesaadavad tuhandete Vabakaubanduse bot tf uuringute käigus 30, Sellel põhjusel oleme siin võtnud süstemaatilise lähenemisviisi, et saada terviklik ülevaade sellistest minimaalselt invasiivsetest proteoomika uuringutest SZ, BD ja MDD-s, vaadates läbi viimase kümnendi uuringud.

Sellest tulenevalt kasutasime neid uuringuid, et tunnistada, millised proteoomika uuringud on seni avastanud ja suunavad perspektiivi proteoomika piirangute ületamisel psühhiaatrilises uuringus. Viimastel aastatel on avaldatud mitmeid ammendavaid ülevaateid 11, 12, 22, 25, 32, Siin kitsendame fookust nende uuringute hindamiseks ja ühendamiseks, Vabakaubanduse bot tf kasutatakse kolme kõige levinumat psühhiaatrilist häiret põdevate patsientide perifeerset verd.

See andis esialgu uuringut. Parem kaubandussusteem loomkatsed jäeti välja. See jättis kolmkümmend paberit esialgse andmete võtmiseks ja tulemuste ülevaatamiseks vt tabel 1. Kõik uuringud esitasid informatsiooni üles- ja allapoole reguleeritud valkude kohta vt S1.

Kõigi uuringute kohta võeti kokku teave esimese autori ja õppeaasta, uuringuriigi, osalejate eesmärgi, arvu ja allikate, kokkupuutealaste teabeallikate, ravimi kasutamise, kaasatud osalejate kaasnevate haiguste, kasutatud bioloogilise proovi, kasutatud meetodi, metoodika, ravimi kasutamise ja ravimi kasutamise kohta.

Erinevate ekspressiooniga valkude puhul olid huvipakkuvad tulemuste mõõtmised: statistiline olulisus, korduv muutus ja diferentsiaalse arvukuse suund ning nendega seotud radad ja protsessid.

Iga diferentseerunud valgu puhul kasutasime UniProt Knowledgebase'i, et saada sisestuskoode ja soovitatud nimesid ning selgitada nende kolme diagnoosi kattumine Läbivaatamise käigus viidatakse nende soovitatud lühendite järgi valkudele. Täielike valkude nimetuste ja selgituste kohta vt täiendavat tabelit 2 vt S2. Näidetena nende uuringute tulemuste kasulikkusest oleme analüüsinud abstraktseid andmeid kolmel erineval viisil 1 kokkuvõtlikult diferentsiaalselt ekspresseeritud valkude kattumise spetsiifilisuse kokkuvõtte 2 proteoomiliste leidude ristviidetest genoomiga tuvastatud geneetiliste lookustega.

Võrdluse taustrühmana kasutati rikastusanalüüside võrdluseks homo sapiens'i võrdlusnimekirja, mis sisaldas kõiki PANTHER vaikimisi antud geene.

Heterogeensed uuringud Proteomika uuringute hinnang peegeldab psühhiaatriliste häirete biomarkerite identifitseerimiseks kasutatud lähenemisviiside heterogeensust. Proovi suurused olid 7 41 kuni 18 patsienti. Kõik, välja arvatud kaks uuringut, hõlmasid võrdluseks tervet kontrolli HC. Ühes uuringus 48 võrreldi normaalse kognitiivse funktsiooniga patsientidel patsiente, kellel oli diagnoositud hilisem eluea depressioon LLD ja kerge kognitiivse kahjustusega.

Teises uuringus 60 kontrasteeriti lühiajalisi SZ retsidiiviga patsiente, kellel oli pikaajaline SZ retsidiiviga patsient, kahel erineval ajahetkel. Valgu kadumise ja kvantifitseerimise meetodid varieerusid. Näiteks mõnedes uuringutes kasutati enne proteoomilist analüüsi antikehade baasil põhinevate meetoditega kõrge rikkaliku valgu ammendumist.

See, kuidas neid ammendamismeetodeid praegu kasutatakse, toob sageli kaasa valgu kvantifitseerimise taastumatuse, eriti madala sisaldusega valkude puhul Enamik gruppe kasutas märgistusvaba kvantifitseerimist, kuid mõned rakendatud keemilised märgistusmeetodid nagu iTRAQ või TMT, mis võimaldavad multipleksimist ja seega suuremat proovi läbilaskevõimet, kuigi suhtarvu moonutamise hinnaga.

Proteomiliste uuringute tulemuste arvessevõtmisel on kriitilise tähtsusega proovide säilitamise erinevused ja ajaline ladustamine. Valgu analüütide mõõtmine on delikaatne ülesanne, sest proovid on elus ja võivad muutuda tingituna molekulaarsetest vastustest muutuvatele tingimustele. Seetõttu on äärmiselt oluline, et säiliks järjepidevus proovide ladustamisel ja Vabakaubanduse bot tf, samuti proovidokumentatsioon.

Kahjuks ei ole neid kriitilisi üksikasju sageli teatatud, kuid neid tuleb meeles pidada uuringute tulemuste võrdlemisel.

Erinevused proovide suuruses, koeproovide ettevalmistamisel, analüütilisel torustikul, massispektromeetriainstrumentidel, andmete analüüsil ja kasutatavatel statistilistel lähenemisviisidel, samuti juhtumite määratluste heterogeensus muudavad uuringute hindamise keeruliseks. Need töövoogude vastuolud on probleem, mis on omane proteoomika andmete ametlikele võrdlustele, eriti metaanalüüside tegemiseks Kuigi mõnedes uuringutes kasutati sobitatud juhtumikontrolli lähenemisi ja teostati rühmade võrdlemisel põhilisi t-teste, kasutasid teised regressioonimodelleerimist, mis võimaldas kaasata segavaid ühismuutujaid.

Kuigi mitmed uuringud moodustasid mitu katset, ei suutnud teised seda teha, mis oleks kahtlemata viinud mitmete valepositiivsete valkude tuvastamiseni erinevalt rikkalikena. Peale selle on mõned uuringud otsustanud teatada ainult nendest valkudest, mis ületasid spetsiifilise klapi muutumise läve ja seetõttu ei pruugi andmed väiksema efekti suurusega valkude kohta olla hästi esindatud ja need, kellel on madalamad klapi muutumise piirmäärad, võivad kaasa tuua valepositiivseid tulemusi.

Erinevused patsientide populatsioonides ja valikukriteeriumid segasid ka uuringute vahelisi võrdlusi.

Mõlemal juhul on enesekehtestatud plaan parim lähenemisviis maksuküsimustes kaitstud krüpto-valuuta vara loomisele. On bitcoin wortg, kes investeerib enam Kaevandamine on ilmselt krüptoraha kõige veidram külg. Kuid kummalisel Aga kuidas see erinevus tekib? Veenduge, et see sobib plaanidega.

Lisaks ei suutnud mitmed uuringud 39, 41, 42, 45—47 avaldada, kas kaaluti kriitilisi segadusi, nagu toitumine ja suitsetamine. Kuna veri on väga dünaamiline kude, mis puutub kokku peaaegu iga keha koega, peegeldab see mitmeid väliseid tegureid, mida tuleb kontrollida Hiljutine töö on näidanud, et on võimalik arendada jõulisi töövooge, mis võtavad neid tegureid täpselt arvesse Uuringu tulemuste kokkuvõte Kokku olid valgu vastavalt peptiidi signaalid erinevalt rikkad; on seotud SZ, ja MDD-ga ning ga BD-ga vt joonis 2.

SZ puhul teatati sageli insuliiniga seotud peptiidide suurenenud tsirkuleerivatest tasemetest. Kahes uuringus uuriti testpaneelide potentsiaali SZ patsientide eristamiseks kontrollist.

Hugging Face – The AI community building the future.

Schwarz et al. Teine uuring Schwarz, Guest ja Rahmoune et al. Selle uuringu põhjal Schwarz et al. Teine uuring Alsaif et al. Nad näitasid, et erinevad molekulid mõõdeti seerumi ja plasma varieerumise märgatavate erinevustega ning tunnistasid, et mõõtmiste variatsioonid võivad potentsiaalselt varjata tegelikke erinevusi andmekogumites Frye et al.